ХШУС нь нийт 14 бакалаврын сургалтын хөтөлбөр хэрэгжүүлж байгаагийн 4 нь БНХАУ-ын их сургуулиудтай хамтарсан хөтөлбөр юм. 2026-2027 оны хичээлийн жилээс Япон улсын Кумамото их сургуультай хамтарсан "Хэрэглээний математик" 2.5+2 хөтөлбөрийг хэрэгжүүлэхээр ажиллаж байна. 

• Статистик
• Статистик, БНХАУ-тай хамтарсан 2+2
• Статистик (Эхний 2 жил Герман хэлээр)
• Хэрэглээний математик, Япон улстай хамтарсан 2.5+2 
• Химийн инженерчлэл
• Химийн инженерчлэл, БНХАУ-тай хамтарсан 2+2
• Химийн боловсруулалтын технологи
• Газрын тосны боловсруулалтын технологи
• Газрын тосны боловсруулалтын технологи, БНХАУ-тай хамтарсан 2+2
• Нүүрсний боловсруулалтын технологи
• Материал судлал, инженерчлэл
• Хэрэглээний физик
• Хүрээлэн буй орчны инженерчлэл 
• Хүрээлэн буй орчны инженерчлэл, БНХАУ-тай хамтарсан 2+2
• Наношинжлэх ухаан, инженерчлэл